حسن روحانی، رئیس‌جمهور چند روز قبل گفته بود:کار بررسی صلاحیت نامزدهای انتخاباتی بر اساس قانون بر عهده هیات‌های اجرایی است. رئیس‌جمهور اضافه کرده
بود که کار شورای نگهبان، نظارت است و کار دولت اجرای انتخابات.
این سخنان روحانی واکنش فرمانده کل سپاه را به دنبال داشت. فرمانده سپاه از «تضعیف شورای نگهبان» ابراز نگرانی کرد.
حالا در پی سخنان سردار جعفری ، فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، علی مطهری نماینده مجلس شورای اسلامی، نامه ای به وی نوشت.
در بخشی از نامه مطهری به فرمانده سپاه آمده:
ورود سپاه پاسداران به عالم سیاست و لوازم آن، به صلاح کشور و نیروهای مسلح و انقلاب اسلامی نیست، زیرا موجب اختلاف و دو دستگی در سپاه می‌شود.
امام خمینی(ره) در دیدار با مربیان سپاه فرموده‌اند: «باید سعی کنید جهات سیاسی در سپاه وارد نشود، که اگر افکار سیاسی وارد سپاه شود جهات نظامی آن از بین می‌رود. همیشه به سپاه سفارش کنید که آنها خودشان را یک جنگنده خدمتگزار مردم بدانند.»(صحیفه امام، جلد ۱۸، ص ۴۵)
در جای دیگر فرموده‌اند: «برای سپاهی‌ها جایز نیست که وارد بشوند به دسته‌بندی و آن طرفدار آن یکی، دیگری طرفدار آن یکی. به شما چه ربط دارد که در مجلس چه می‌گذرد؟ در امر انتخابات باز هم به من اطلاع دادند که بین سپاهی‌ها باز صحبت هست، خوب انتخابات در محل خودش دارد [برگزار] می‌شود، جریانی دارد، به سپاه چه کار دارد که آنها هم اختلاف پیدا کنند، این برای سپاه جایز نیست، برای ارتش جایز نیست. سپاهی را از آن تعهدی که دارد، از آن مطلبی که به عهده اوست باز می‌دارد و همین‌طور ارتش را.» (صحیفه امام، جلد ۱۹، ص۱۲).
گذشته از این، اگر قرار بر پاسخگویی جناب‌عالی به رئیس جمهور بود، باید استدلال ایشان را پاسخ می‌دادید. جان کلام رئیس جمهور این بود که هر قدر در بررسی صلاحیت‌ها بیشتر سخت‌گیری شده است مجالس ضعیف‌تر شده‌اند.
مجلس اول که قبل از تشکیل شورای نگهبان و با نظارت شورای انقلاب تشکیل شد و طی آن فقط افرادی که فساد اخلاقی یا فساد سیاسی مانند جاسوسی و یا فساد اقتصادی بزرگ داشتند رد صلاحیت شدند و در آن، همه گروه‌های موافق و مخالف حضور داشتند قوی‌ترین مجالس بعد از انقلاب بود و بنابراین می‌توان به انتخاب مردم اعتماد کرد.
ولی جناب‌عالی به جای پاسخ به این استدلال، فرموده‌اید: «کسانی که از مسیر همین شورا و با بلندنظری و منش غیرجناحی اعضای آن، فرصت ظهور در عرصه مدیریت کشور را یافته‌اند، باید گفتار سنجیده‌تری داشته باشند.» گویی بر جناب آقای روحانی، رئیس جمهور، منت گذاشته و گفته‌اید به جای این حرفها خدا را شکر کنید که از سر لطف و اغماض شورای نگهبان از این فیلتر و صافی عبور کردید؛ در حالی که این چه لطف و اغماضی است که کسی که هجده میلیون رأی داشته و اگر انتخابات به دور دوم می‌کشید شاید سی میلیون رأی داشت، رد صلاحیت نشده است؟ این سخن، نوعی تضعیف شورای نگهبان و قرار دادن آن در مقابل مردم است.
حسن نیت جناب‌عالی در پاسداری از دستاوردهای انقلاب اسلامی بر کسی پوشیده نیست ولی این پاسداری ظرافت‌هایی دارد که نکته‌ای از آن در کلام امام (ره) گذشت و باید به آن پایبند بود.