آیتالله اسدالله بیات زنجانی از مراجع تقلید در نامهای به هاشمی رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نوشت: “اینجانب مراتب نگرانی خود را از واقعه موسوم به عدم احراز صلاحیت جنابعالی ابراز میدارم و خداوند عالم را گواه میگیرم که هیچگاه در برابر این نوع تفکر و عملکردها سکوت نکردهام و معتقدم چنین واقعهای به طور حتم بر دوش مسببان این ماجرا در دو عالم سنگینی خواهد کرد و حق ضایع شدهای از حقوق مردم و شخصیتهای گرانقدری چون شما به جا گذاشته است که نمیدانم چگونه میخواهند فردای قیامت در محضر عدل الهی پاسخ آن را بدهند.”
به گزارش سایت رسمی این مرجع تقلید، وی افزوده است: “امروز درونمایۀ بسیاری از قضایا روشن است. بسیاری از تذکرات و بیمهایی که همۀ دلسوزان انقلاب اسلامی میدادند و میدادیم و بنده برخی از آنها را در هیأت رئیسۀ مجلس هم با شما در میان گذاشته بودم و در مواقع مختلف هم از باب نهی از منکر اولیای امور مسلمین تذکّر دادهام، متأسفانه عیناً در حال وقوع است. رفتار امروز برخی متصدیان امر حقیقتاً همانند رفتار کسی است که بر شاخه نشسته و بُن شاخه را میبرد.”
این مرجع تقلید در ادامه نامه نوشته است: “اینجانب ضمن تقدیر از اقدام ایثارگرانه حضرتعالی در ورود به عرصۀ انتخابات ریاست جمهوری، معتقدم اگر انصاف بر رویه موجود حاکم بود، باید همگان از این حضور شما سپاسگزار می بودند چرا که می توانست به حل خیلی از معضلات کنونی کمک کند.”
شورای نگهبان صلاحیت هاشمی رفسنجانی را برای انتخابات ریاستجمهوری تایید نکرد. تاکنون تعدادی از شخصیتها از جمله دکتر زهرا مصطفوی، دختر امام خمینی (ره)، حسن خمینی، آیتالله موسوی اردبیلی، فرزند آیتالله جوادی آملی و… نسبت به این اتفاق ابراز نگرانی کردهاند.