دکتر حسن روحانی، رئیسجمهور در حکمی معصومه ابتکار را به عنوان رئیس سازمان حفاظت محیط زیست منصوب کرد.
ابتکار در دولت خاتمی نیز ریاست سازمان محیط زیست را بر عهده داشته است.
معصومه ابتکار در سال ۱۳۸۴ به دلیل تلاشهایش در سازمان حفاظت از محیط زیست ایران و نقشی که برای بهبود همکاریهای منطقهای و جهانی داشت به عنوان یکی از هفت «قهرمان زمین» سال ۲۰۰۶ سازمان ملل متحد انتخاب شد.
پیش از این محمد جواد محمدیزاده ریاست سازمان محیط زیست را بر عهده داشت.
همچنین در حکمی دیگر علی شمخانی به جای سعید جلیلی به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی منصوب شد. شمخانی در زمان دولت خاتمی، وزیر دفاع بود.